全书十卷。卷一，载“脏腑阴阳”、“亢害承制”、“气运经络“等篇，统论脏腑阴阳升降、五行亢害承制等与疾病的关系，及其在辨证上之运用。卷二，论望色切脉。卷三，以歌诀形式阐述二十六字元机。卷四，叙述用药权衡与药物炮制。卷五，阐述古方。卷六，分寒热、辨内外伤、寒、热等十目，分别加以阐述。卷七至卷十，列九十八种病证的证治，并附以验案或方剂。
载“原理上篇”、“古方上中下三篇”、“温病本气篇”、“儿病本气篇”、“时病本气篇”、 “脉法篇”、“舌胎篇”、“药性提纲篇”、“《金匮》方解篇”、“《伤寒论》方解篇”和“生命宇宙篇”。
卷1-卷4首列运气、叙例、补遗、治法，属于总论性质；卷5-卷184为临床各科病证的论治方药，首之以诸风门，终之以乳石发动门；卷185-卷190为补益门、食治门；卷191-194为针灸门；卷195-197为符禁门；卷198-200为神仙服饵门。
浅者见浅，深者见深，尝博采诸家之说，参以管见，着述数卷，悉遭兵火，荡焉无遗。偶录数条，苦于无书可征，幸精于斯道者赐教焉。
卷1～2为伤寒；卷3～6为天行、温病、疟疾、霍乱等；卷7～20为心痛、痰饮、咳嗽等内科杂病；卷21～22为五官科疾病；卷23～24为瘿瘤、痈疽等；卷25～27为痢、痔诸病；卷28～30为中恶、金疮、恶疾等；卷31～32为采药、丸散、面部诸疾；卷33～36为妇儿疾病；卷37～38为乳石；卷39～40为明堂灸法。
作者抄录了明代著名医家张景岳《景岳全书·妇人规·宜麟策》1卷，又根据历代对嗣育的认识及作者自身体会再续1卷，分大意、畜德、培原、布种、胎教等内容
卷1～2阐述眼与脏腑经络的关系，眼病的病因病机等；卷3～6以眼科病证为目，论述各病脉因证治，兼论小儿目疾、眼科针灸等。共列108证、300余方。后附眼科针灸要穴图说。
上卷分28个专题，总论脉学理论。中卷介绍常见脉24种的体状和主病，以七表、八里、九道3类类脉，并述7种死脉脉象。下卷以病症为主，参以脉诊，并涉及妇、儿科诊法和望诊、闻诊等内容。
书中记述了医药典故、医林逸事、民间疗法、医理、药物的心得体会等。对诊治中因循执方等弊病予以批评。书中尚有炼丹等内容。
全书分为妇人门、小儿门、热病门、杂病门、救急门、金伤门、五官门、服石门等。共载方约四百二十余首，每首方有主治功效-组成、出处等。
全书载证治杂论十四篇，多从病证误治分析，辨论明确，颇能举一反三。对不究病因、不问病状，概以平稳方药治疗的态度尤为反对。
本书着眼于优生优育之法，强调摄养之术，以延续后嗣。包括调理精血、直指真源、男女服药之论，并涉及调元、调精、安胎、便产之法，更附经验方药，及论童壮、论衰论，均切实用。
书中着重研究伤寒与瘟疫的辨证，特别是早期症状的鉴别，不仅提出瘟疫早期诊断要点，并详述常见证、疑似证、危重证、后遗证、兼夹证，对每证的病理、鉴别、主治方药均作了比较精确的分析。
卷一至卷七为内科部分；卷八为五官科；卷九为外科；卷十至卷十一为妇科；卷十二为小儿疾病；卷十三至十六为方剂。以病集方，方有方解，辨析配伍。
本书集王氏在各地行医时的见闻、杂感、学医心得及诊疗经验并选收各家医案和民间单方、验方、附述个人独到见解，又对古代医药文献作了客观评价与分析，其中也辑录一些奇症怪方的内容。
六卷，各卷分别有名，依次为：纪验、症方、三科、脉论、秘方、静功。由此可见，该书的内容比较广泛，但以临床诊治为主，可称为综合性临床医书。
该书主要讲述了人体的组成、生理功能和疾病的诊断与治疗，对于推动中医理论的发展和传承起到了重要的作用。
师训第一，医劳历例第二，虚损第三，痨瘵第四及医案第五，共五篇，具有丛书性质。其内容以内科虚损类疾病为主，兼及其他杂病的证治。
本书内容有误用补剂、内科杂病误治的论述。还有对不同患者（如老人、妇女、小儿）治疗上应有所区分、以及外科病证治法等方面的论述。
全书共三卷，上卷论理，有“当明经络、须识扶阳、大病宜灸、禁戒寒凉、要知缓急”等十三篇，强调寒凉之害及治病用灸之要，中下卷论述伤寒、内、外、妇、儿等各科共123个病证的病因、病机及治则、治法，部分病证后还附有验案，另有神方一卷
