书中将《伤寒论》所载113方，分别六经病证，予以剖析贯串，并注明本病、经病、腑病、脏病、坏病及传腑、传脏、入阳入阴等不同情况，加以归纳整理，使之条理化。
书除列述六经病证外，卷首对六经、六气、营卫、风寒、传经等均有专题论述，对仲景《伤寒论》多所注释和发挥，然亦不免掺杂了一些主观臆断的解释。
《四圣心源》阐发《内经》、《难经》、《伤寒论》、《金匮要略》诸书蕴义，是一部包括中医基本理论和部分临床医学的综合性著作。
论述瘟、疫、痘、疹之专书。“黄氏鉴于历代医家于瘟、疫、痘、疹四病，其论多杂乱无章，其药多孟浪不精，乃溯源《内》、《难》经者，参以魏晋以来前贤之论，撰《四圣悬枢》五卷。
本书根据通行本《灵枢》81篇的主要内容，按刺法、经络、营卫、神气、脉象、外候、病论、贼邪及疾病9类的次序重予编次，并在个别原文段落之后加以简注。
前2卷论述病因、病理、治法，按胎化、脏象、经脉、营卫、脏候、五色、五声、问法、诊法、医方十解论述。后2卷论16种病证，结合病案以分析病因、病机及各种兼症、变症之由来。治方只列方名，不详药味。
以通行本《素问》81篇的主要内容分为养生、脏象、脉法、经络、孔穴、病论、治论、刺法、雷公问、运气十类、重予编次，并通过调整各篇文字将原散佚的《刺法论》和《本病论》二篇补齐，在原文各段之后均有扼要注释。
黄氏认为《金匮要略》治内伤杂病，大旨以扶阳气、运化脏腑气血功能为主，而后世又有滋阴之说，遂推阐“阳自阴升，阴由阳降”之理，颇有见地。
对八十一难予以逐段注解，注文大多简要，诠释或以《内经》理论为基础，采集历代《难经》注家的学术观点加以综合。但真正发挥义蕴的见解并不多。
录收张仲景医书未载之药282种。以草、木、金石、果谷菜、禽兽、鳞介虫鱼、人、杂类八部分述。各药分列性味、归经、功效主治，间附炮制方法等。
全书共四卷，刊于1753年。作者选出张仲景《伤寒论》及《金匮要略》二书中的244个医方所用药物160种加以阐解。以药名为纲，结合原书中的方药证治，论述各药药性、功用、主治及用法。
