丹溪手镜

全书凡三卷，共一百六十篇。主要依据<伤寒> 、 <金匮>明辨类证，对内、外、妇、儿、五官、杂证辨析，以示辨证论治之典范。

脉因证治

共2卷，内容包括内、外、妇、儿各科疾病70篇，每种疾病都完整而井然地列有脉诊、病因、病证、论治（包括方药）四项内容，并述药物加减法，适合临床应用。

局方发挥

全书采用问答体裁，共收录30余条针对宋代官方药典《太平惠民和剂局方》的学术辩驳与发挥。朱氏针对当时医学界盲目滥用《局方》中辛香燥热、温补药物的流弊，结合自身“阳常有余，阴常不足”的学术观点，展开了深刻的批判性论述。