临证实验录
闫云科先生长期致力于「伤寒杂病论」的临床研究，摸索了一套应用「伤寒杂病论」的方法，「临证实验录」即是闫先生应用经方的实录。本书从临床角度展现了「伤寒杂病论」的博大精深，是闫先生对仲景学说的全新诠释。
临证指南医案
共十卷。卷一至卷八以内科杂病医案为主，兼收外科及五官科医案，卷九和卷十分别为妇科医案和儿科医案。全书序列八十九门，述证八十六种，每门以病证为标目，序列其经治医案，言简意赅，切中肯綮，于学术多有所体悟，于后学启迪甚多。
仁斋直指方论（附补遗）
凡26卷，第1卷为“总论”，第3～19卷论内科病证治；第20～21卷论五官病证治；第22～24卷论外科病证治；第25卷论诸虫所伤；第26卷论妇人伤寒等，该书将诸科病证分为72门。
侣山堂类辩
上卷大多采用问答的形式杂论医理，对脏腑功能、病原、病症、病种、证治、方剂等内容分题予以辨析，说理简明扼要。书中作者以严肃的态度对古医书和医家谬误之说颇多纠正，对六经和脏腑的功能有所发挥。下卷主要阐述药性和方剂配伍。
傅青主男科
本书以内科杂病证治为主，分伤寒、火症、郁结等23门，每门分列病证，先论后方。每一病证皆分析病因、病机，确定治疗大法和方药。末附杂方、小儿科及女科等，其中女科内容，多系《傅青主女科》所未载者。
全生指迷方
卷1为脉论及诊脉法，卷2～4为寒证、热证、风食、风湿、疟疾、痹证、劳伤、气病、血证、诸积、诸痛、眩晕、厥证、痰饮、消证、疸病、咳嗽、喘证、呕吐及小便等20种病证。每证之前，皆详述病状，推究病源；次列方剂，诸方或采自古方，或录自当时名医的著作。
养生导引法
书中主要讲述导引养生祛病法。共列病症27门，每门列功法若干条，可供选用。其选功法基本上依据（诸病源侯论）中所载的「养生方导引法」。此外，补益与老人二门中还收辑了《太清导引养生经》、《通玄集》等书的部分内容。
内外伤辨
全书三卷，凡二十六论。卷上主要是从各方面讨论内伤病与外感病的不同形证及其病理变化；卷中论饮食劳倦所伤，尤其是劳倦伤元气；卷下论饮食内伤，提出对待此病的应有看法，以及如何根据所伤病情正确处理等问题。